Договором (соглашением).

Должны быть включены все работы для восстановления технических и экономических характеристик объекта до значений, близких к проектным, с заменой или восстановлением любых составных частей.
Обычно требуется ремонт систем теплоснабжения, системы вентиляции и кондиционирования, канализационных систем, замена окон, ремонт фасада, установка пандуса и прочее.
Опираться необходимо на "Градостроительный кодекс Российской Федерации" от 29.12.2004 N 190-ФЗ (ред. от 03.08.2018) (с изм. и доп., вступ. в силу с 01.09.2018) 14.2) капитальный ремонт объектов капитального строительства (за исключением линейных объектов) - замена и (или) восстановление строительных конструкций объектов капитального строительства или элементов таких конструкций, за исключением несущих строительных конструкций, замена и (или) восстановление систем инженерно-технического обеспечения и сетей инженерно-технического обеспечения объектов капитального строительства или их элементов, а также замена отдельных элементов несущих строительных конструкций на аналогичные или иные улучшающие показатели таких конструкций элементы и (или) восстановление указанных элементов. 

На сайте новаябиблиотека.рф в разделе «Документы» размещено Письмо Минкультуры России органам исполнительной власти субъектов Российской Федерации в сфере управления культурой от 22.05.2019 № 188-011-39-ОЯ с разъяснениями, касающимися того, что входит в состав текущих ремонтных работ:

«… при проведении текущего ремонта могут быть проведены следующие работы:

• - ремонт стен, пола, потолка;
• - ремонт или замена дверей и сантехники;
• - ремонт лестниц внутри помещений (не включая их полную замену),
• - иные работы согласно Приложению 7 к Приказу №312 в части не противоречащей нормам ГрК РФ.

Работы должны осуществляться строго в здании (помещениях) библиотеки.»

Нет, нельзя. Замена окон относится к капитальному ремонту и выполняется за счет средств субъекта.